Namco Bandai заявили, что в игре будет «более продуманная» история и боевая система, которая «направлена на эволюцию персонажа». Кроме обычных форм Пробуждения в игре вводится новый элемент - Мгновенное Пробуждение, благодаря которому игроки могут войти в режим Пробуждения в любой момент боя, даже в середине комбо. Но есть и обратная сторона медали: Мгновенное Пробуждение истощает чакру игрока. Если игрок полностью исчерпает свою чакру в этом режиме, то не сможет сразу ее восстановить. Персонажей в режиме Пробуждения теперь можно схватить или ударить своей мощнейшей техникой.

Как и в Naruto Shippūden: Clash of Ninja Revolution 3 и других играх Naruto для Wii, персонажей можно выбивать из кольца, но здесь это приводит к поражению, если сразу не принести в жертву второстепенного персонажа. Кроме того, можно разрушать само поле боя. В игре есть новое дополнение в командной атаке, теперь игрок может использовать второстепенных персонажей, чтобы зарядить чакру и атаковать. Кроме того, у второстепенных персонажей теперь есть очки здоровья, и как только они заканчиваются, этих персонажей больше нельзя использовать, а их тела пропадают с поля боя через несколько секунд. Если игроку помогает один второстепенный персонаж, у него десять очков здоровья. Если два – у каждого по пять.

В этой игре снова появляются Боссы. В режиме истории есть миссии в Конохе. Здесь будут и массовые битвы, как в Naruto Shippūden: Ultimate Ninja Impact. Появится новая система, «Окончательное решение», где игроки смогут выбрать один из двух путей – Путь Легенды или Путь Героя. Битвы Пути Легенды гораздо сложнее. После завершения битвы игрок получает очки определенного пути.